От срещащите се видове 105 са от европейско природозащитно значение, като 9 от тях са световно застрашени, а като застрашени в Европа са 95 вида. Бургаското езеро е единственото място в България където се концентрира до 7% от Черноморската популация на тръноопашатата потапница. През зимата са наблюдавани и световно застрашените къдроглав пеликан и червеногуша гъска. Езерото е едно от най-важните места в страната от значение за Европейския съюз за опазването на гнездящия тук малък воден бик