Използвали са специализирани оръжия: Убийците не винаги носили традиционно оръжие със себе си, защото е трябвало да бъдат дискретни. Отровата е била може би най-лесното за скриване оръжие за използване при убийство. Жените куноичи пък ползвали фибите си за коса или металните си нокти.
